I batteri presenti nella vagina proteggono le donne da infezioni e malattie sessualmente trasmissibili e variano a seconda della provenienza geografica. La vagina ad esempio ne ospita moltissimi che, per mantenerla in salute, si occupano della sua protezione, prevenendo molte malattie urogenitali come infezioni, malattie trasmissibili sessualmente e HIV.
Il principale batterio alleato della salute della vagina è il Lactobacillus, presente anche nel tratto gastrointestinale. Questo produce acido lattico per la fermentazione degli zuccheri e riduce il pH dell’ambiente che lo circonda inibendo la formazione di microrganismi patogeni. Se le colonie di Lactobacillus vengono però duramente attaccate, di solito in seguito a periodi particolarmente stressanti, ad alimentazione scorretta o terapie antibiotiche, insorgono le infezioni vaginali, quali vaginiti e candidosi.